آثار اقتصادی و اجتماعی تغییر در سیاست‌گذاری پرداخت یارانه‌ها، مورد نگرانی مسئولین کشور در چند سال گذشته بوده است. هدف اصلی این مقاله بررسی آثار تغییر در نظام یارانه کشور از حالت غیرمستقیم به شیوه مستقیم، بر متغیرهای قیمتی و مقداری تولید داخلی و اشتغال بخش‌های اقتصادی در دو سناریوی متفاوت و با استفاده از یک مدل خاص تعادل عمومی محاسبه‌پذیر بر مبنای داده‌های ماتریس حسابداری اجتماعی سال 1380 می‌باشد. مدل‌های CGE روابطی بین حساب‌های SAM و مجموعه‌ای از معادلات غیرخطی را هم زمان با استفاده از تئوری تعادل عمومی مدرن، برقرار می‌کنند. در سناریوی اول این مطالعه، یارانه غیر مستقیم بخش تولید حذف و معادل آن به صورت نقدی به خانوارها پرداخت می‌شود. در سناریوی دوم، یارانه غیرمستقیم حذف و معادل آن با نسبت‌های 50، 30 و 20 درصد به ترتیب به خانوارها، بخش‌های تولیدی و دولت می‌رسد. نتایج این مطالعه نشان می‌دهد که با تغییر در شیوه پرداخت یارانه، ترکیب تولید و اشتغال در بخش‌های اقتصادی دچار تغییر می‌شود. با توجه به نتایج، بیشترین کاهش در تولید داخلی و سطح اشتغال و همچنین افزایش قیمت، در بخش حمل و نقل دیده می‌شود. پس از بخش حمل و نقل، بیشترین افزایش قیمت برای محصولات بخش های چوب-کاغذ-انتشار و فلزات اساسی پیش‌بینی می شود. بخش محصولات معدنی تنها بخشی است که در هر دو سناریو افزایش در تولید را دارد و برای اکثر بخش‌های اقتصادی، کاهش در تولید و اشتغال پیش-بینی می‌شود. تولید ناخالص ملی اسمی در سناریوی اول به ترتیب 78/2 درصد و در سناریوی دوم  05/3 درصد کاهش می‌یابد. و در انتها، مقایسه نتایج دو سناریو نشان می‌دهد که پرداخت یارانه نقدی بیشتر به خانوارها تاثیر بهتری بر تولید برخی از بخش‌ها نسبت به بازپرداخت یارانه‌های آزادشده به بخش‌های تولیدی مزبور دارد.