پژوهش های نوین فیزیک

---

در تحقیق حاضر اپیتوپ‌های پیش‌بینی شده در نواحی C2-V3-C3در۱۲۰ gp ایزوله ایرانی ویروس 1 HIV-بااپیتوپ‌های نواحی مشابه در زیرگونه‌های A تا I این ویروس مقایسه شده‌اند. از آن‌جا که نواحی اپیتوپ یک پروتئین مناطقی فاقد ساختمان ثانویه و آب دوست هستند که در تماس با محلول آبی‌اند از این فاکتورها برای پیش‌بینی اپیتوپ‌ها استفاده شد. تعداد نواحی هلیکس(١) و شیت‌ها(٥) درایزوله ایرانی با تعداد آن‌ها در زیرگونه F و Aبرابر بود. روش هوبارد٧ محل بالقوه گلیکوزیلاسیون را در ایزوله ایرانی تعیین کرد. در تمام زیرگونه‌های دیگر تعداد محل‌های بالقوه گلیکوزیلاسیون کم‌تر از ٧ بود. در تمام ایزوله‌ها از جمله ایزوله ایرانی، یک اپیتوپ در یک ناحیه مشابه پیش‌بینی شد. در تمام نواحی بررسی شده (به جز ایزوله ایرانی و زیرگونه‌های D و H) یک اپیتوپ طویل واحد در ناحیه‌ای دیگر پیش بینی شد. در زیرگونه H هیچ اپیتوپی در این ناحیه پیش‌بینی نشد. در ایزوله ایرانی و درزیرگونه Dدو اپیتوپ کوتاه در این ناحیه پیش‌بینی شد. آنالیز کامپیوتری، شباهت‌ها و تفاوت‌های بین موقعیت اپیتوپ‌های زیرگونه ایرانی و سایر ویروس‌های HIV-1 پیش‌بینی کرد. اگر چه ساختار اولیه ۱۲۰ gpزیرگونه ایرانی به زیرگونه B نزدیک است، برخی تفاوت‌ها بین ساختار دوم وسوم این ویروس و ساب تیپ B پیش بینی می‌شوند.