پارک ملی بوجاق با داشتن اکوسیستم آبی شامل مانداب­های بوجاق و کیاشهر، مساحتی بالغ بر 3/3477 هکتار دارد. به­ منظور بررسی عوامل موثر بر پوشش گیاهی در رویشگاه ­های آبی و مرطوب پارک ملی بوجاق 44 قطعه نمونه در منطقه پیاده شد و برای آزمایش ویژگی­ های شیمیایی آب موجود از 22 قطعه نمونۀ آب برداشت شد. نتایج حاکی از تحلیل دو­طرفه گونه ­های شاخص اصلاح ­شده نشان داد که چهار گروه گیاهی در منطقه حضور دارند. گیاهان گروه اول غوطه­ ور و شناور و گیاهان گروه سوم و چهارم بیشتر هلوفیتیک هستند. گیاهان گروه دوم در مناطقی با ماسه و لای حضور دارند. نتایج حاصل از تحلیل تطبیقی متعارف متغیرهای آب (اسیدیته، عمق، فسفر، ازت، کلر، کربنات، بی­کربنات، هدایت الکتریکی، سدیم، پتاسیم) ارتباط معنی­داری با گروه ­های گیاهی نشان داد. مهم­ترین عامل موثر در پراکنش و تفکیک گروه­ های گیاهی نیز عمق آب بوده است. همچنین نقشۀ پوشش گیاهی مانداب بوجاق و کیاشهر بر­پایۀ گروه­ های گیاهی تهیه شد.