دوره 5، شماره 4 - ( 10-1397 )                   جلد 5 شماره 4 صفحات 388-379 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Keypour S, Riahi H, Ebadi M, Borhani A, Asef Shayan M R, Safaie N. The Study of the genetic diversity of two laccate species of Ganoderma lucidum and Ganoderma resinaceum using RAPD marker. nbr 2018; 5 (4) :379-388
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-2970-fa.html
کی پور سمیه، ریاحی حسین، عبادی مصطفی، برهانی علی، آصف شایان محمدرضا، صفایی ناصر. بررسی تنوع ژنتیکی دو گونه براق Ganoderma lucidum و Ganoderma resinaceum به وسیله نشانگر RAPD . یافته‌ های نوین در علوم زیستی. 1397; 5 (4) :379-388

URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-2970-fa.html

بررسی تنوع ژنتیکی دو گونه براق Ganoderma lucidum و Ganoderma resinaceum به وسیله نشانگر RAPD
سمیه کی پور ، حسین ریاحی ، مصطفی عبادی* ، علی برهانی ، محمدرضا آصف شایان ، ناصر صفایی
دانشگاه شهید مدنی آذربایجان ، ebadi2023@yahoo.com , m.ebadi@azaruniv.edu
چکیده:   (5976 مشاهده)
سرده .Ganoderma Karst متعلق به راسته Polyporales بوده و از قارچ های مهم دارویی و بیماری زای گیاهی است. هدف از انجام این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت های طبیعی دو گونه براق Ganoderma با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD است. بدین منظور چهار جمعیت از گونه .Ganoderma resinaceum Boud و هشت جمعیت از گونه  .Ganoderma lucidum Karst جمع آوری شده از جنگل های شمال کشور طی سالهای 91 - 90 برای اولین بار در ایران مورد بررسی قرار گرفت. برای تکنیک RAPD، از 10 آغازگر تصادفی استفاده شد. نتایج RAPD – PCR موید وجود تنوع ژنتیکی وسیعی بین جمعیت های مورد مطالعه بود به طوری که تنوع درون گونه ای G. lucidum و G. resinaceum به ترتیب 48 / 61 و 16 / 40 برآورد شد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای نشان داد که جدایه ها در سه خوشه قرار گرفتند و این گروه بندی جدایی جمعیت های دو گونه مورد مطالعه را تأیید کرود. در ارزیابی تجزیه ساختار ژنتیکی، دو گروه احتمالی (K=2) در ژرم پلاسم مورد مطالعه شناسایی شد به طوری که نتایج حاصل از بارپلات نیز آن را تأیید کرد.
واژه‌های کلیدی: آغازگر تصادفی، تجزیه ساختار ژنتیکی، تجزیه خوشه­ ای، تنوع ژنتیکی، ژرم پلاسم
متن کامل [PDF 847 kb]   (1350 دریافت)    
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی | موضوع مقاله: علوم گیاهی
دریافت: 1396/7/5 | ویرایش نهایی: 1398/4/29 | پذیرش: 1397/7/3 | انتشار: 1397/12/27 | انتشار الکترونیک: 1397/12/27
فهرست منابع
1. Ariffin, D., Idris, A.S. and Singh, G. 2000. Status of Ganoderma in oil palm. – In: Flood, J. (ed.), Ganoderma diseases of perennial crops. – CABI Bioscience, Egham, UK. pp: 49-68. [DOI:10.1079/9780851993881.0049]
2. Cao, Y. and Yuan, H.S. 2013. Ganoderma mutabile sp. nov. from southwestern China based on morphological and molecular data. – Mycol. Prog. 12: 121-126. [DOI:10.1007/s11557-012-0819-9]
3. Cao, Y., Wu, S.H. and Dai, Y.C. 2012. Species clarification of the prize medicinal Ganoderma mushroom "Lingzhi". – Fungal Divers. 56: 49-62. [DOI:10.1007/s13225-012-0178-5]
4. Chang, C.Y., Yeh, Z.Y. and Lee-Chen, G.J. 1996. Analysis of genetic diversity of two intersterility groups of Ganoderma australe by DNA sequencing. –Biol. Bull. Natl. Taiwan Normal Univ. 31: 47-53.
5. Ebadi, M., Riahi, H. and Zare, R. 2014. Genetic diversity of Fusarium semitectum isolates from rice, using RAPD and REP-PCR markers. – Mycol. Iran 1: 19-26.
6. Evanno, G., Regnaut, S. and Goudet, J. 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the software structure: A simulation study. – Mol. Ecol. 14: 2611-2620. [DOI:10.1111/j.1365-294X.2005.02553.x]
7. Fu, J.J., Mei, Z.Q., Tania, M., Yang, L.Q., Cheng, J.L. and Khan, M.A. 2015. Development of RAPD-SCAR markers for different Ganoderma species authentication by improved RAPD amplification and molecular cloning. – Genet. Mol. Res. 14: 5667-5676. [DOI:10.4238/2015.May.25.19]
8. Furtado, J.S. 1965. Ganoderma colossum and the status of Tomophagus. – Mycologia. 979-984. [DOI:10.2307/3756901]
9. Gell, I., Cubero, J. and Melgarejo, P. 2007. Two different PCR approaches for universal diagnosis of brown rot and identification of Monilinia spp. in stone fruit trees. – J. Appl. Microbiol. 103: 2629-2637. [DOI:10.1111/j.1365-2672.2007.03495.x]
10. Gottlieb, A.M. and Wright, J.E. 1999 a. Taxonomy of Ganoderma from southern South America: subgenus Ganoderma. – Mycol. Res. 103: 661-673. [DOI:10.1017/S0953756298007941]
11. Gottlieb, A.M. and Wright, J.E. 1999 b. Taxonomy of Ganoderma from southern South America: subgenus Elfvingia. – Mycol. Res. 103: 1289-1298. [DOI:10.1017/S095375629800848X]
12. Gottlieb, A.M., Saidman, B.O. and Wright, J.E. 1998. Isoenzymes of Ganoderma species from southern South America. – Mycol. Res. 102: 415-426. [DOI:10.1017/S0953756297005352]
13. Hammer, O., Harper, D.A.T. and Ryan, P.D. 2012. PAST: paleontological statistics software package for education and data analysis. – Palaeontol. Electronica. 4 (art. 4): 9.
14. Hong, S.G., Jeong, W. and Jung, H.S. 2002. Amplification of mitochondrial small subunit ribosomal DNA of polypores and its potential for phylogenetic analysis. – Mycologia 94: 823-833. [DOI:10.1080/15572536.2003.11833176]
15. Hseu, R.S., Wang, H.H., Wang, H.F. and Moncalvo, J.M. 1996. Differentiation and grouping of isolates of the Ganoderma lucidum complex by random amplified polymorphic DNA-PCR compared with grouping on the basis of internal transcribed spacer sequences. –Appl. Environ. Microbiol. 62: 1354-1363.
16. Keypour, S., Riahi, H., Safaie, N. and Borhani, A. 2014. Mycelial Growth Rate and Macro-and Micromorph-ological Characteristics of Medicinal Species of Genus Ganoderma (Higher Basidiomycetes) from Iran. – Int. J. Med. Mushrooms. 16: 365-374. [DOI:10.1615/IntJMedMushrooms.v16.i4.70]
17. Mei, Z., Yang, L., Khan, M.A., Yang, M., Wei, C., Yang, W. and Fu, J. 2014. Genotyping of Ganoderma species by improved random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat (ISSR) analysis. – Biochem. Syst. Ecol. 56: 40-48. [DOI:10.1016/j.bse.2014.04.012]
18. Miller, R.N.G., Holderness, M., Bridge, P.D., Chung, G. F. and Zakaria, M.H. 1999. Genetic diversity of Ganoderma in oil palm plantings. – Plant. Pathol. 48: 595-603. [DOI:10.1046/j.1365-3059.1999.00390.x]
19. Moncalvo, J.M., Wang, H.F. and Hseu, R.S. 1995a. Gene phylogeny of the Ganoderma lucidum complex based on ribosomal DNA sequences. Comparison with traditional taxonomic characters. – Mycol. Res. 99: 1489-1499. [DOI:10.1016/S0953-7562(09)80798-3]
20. Moncalvo, J.M., Wang, H.H. and Hseu, R.S. 1995b. Phylogenetic relationships in Ganoderma inferred from the internal transcribed spacers and 25S ribosomal DNA sequences. – Mycologia 87: 223-238. [DOI:10.1080/00275514.1995.12026524]
21. Moncalvo, J.M. and Ryvarden L. 1997. A nomenclatural study of the Ganodermataceae Donk. – Synopsis fungorum, Oslo-Norway. pp: 11-114.
22. Moncalvo, J.M. 2000. Systematics of Ganoderma2. – In: Flood, J. (ed.), Ganoderma diseases of perennial crops. 23-49. -CABI
23. Bioscience, Egham, UK. Moradali, M.F., Hedjaroude, G.A., Mostafavi, H., Abbasi, M., Ghods, S. and Sharifi-Tehrani, A. 2007. The genus Ganoderma (Basidiomycota) in Iran. –Mycotaxon 99: 251-269.
24. Park, Y.J., Kwon, O.C., Son, E.S., Yoon, D.E., Han, W., Nam, J.Y. and Lee, C.S. 2012a. Genetic diversity analysis of Ganoderma species and development of a specific marker for identification of medicinal mushroom Ganoderma lucidum. – Afr. J. Microbiol. Res. 6: 5417-5425.
25. Park, Y.J., Kwon, O., Son, E.S., Yoon, D.E., Han, W., Yoo, Y.B. and Lee, C.S. 2012b. Taxonomy of Ganoderma lucidum from Korea based on rDNA and partial β-tubulin gene sequence analysis. –Mycobiology 40: 71-75. [DOI:10.5941/MYCO.2012.40.1.071]
26. Postnova, E.L. and Skolotneva, E.S. 2010. Ganoderma lucidum complex: Some individual groups of strains. – Microbiol. 79: 270-276. [DOI:10.1134/S0026261710020219]
27. Ryvarden, L. 1994. Can we trust morphology in Ganoderma? – In Systematics, Phytopathology and Pharmacology. 5th Int Mycol Congress (eds. P.K. Buchanan, R.S. Hseu and J.M. Moncalvo), Dept. Agric. Chem., National Taiwan University, Taipei, China: 19-24.
28. Safaie, N., Alizadeh, A., Saidi, A., Rahimian, H. and Adam, G. 2005. Molecular characterization and genetic diversity among Iranian populations of Fusarium graminearum, the causal agent of wheat head blight. Iran – J. Plant. Pathol. 41: 171-189.
29. Shakeel, M., Ilyas, M. and Kazi, M. 2013. Evaluation of synthetic hexaploid wheats (derivative of durum wheats and Aegilops tauschii accessions) for studying genetic diversity using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. – Mol. Biol. Rep. 40: 21-26. [DOI:10.1007/s11033-012-1943-y]
30. Smith, B.J. and Sivasithamparam, K. 2000a. Internal transcribed spacer ribosomal DNA sequence of five species of Ganoderma from Australia. – Mycol. Res. 104: 943-951. [DOI:10.1017/S0953756200002458]
31. Smith, B.J. and Sivasithamparam, K. 2000b. Isozymes of Ganodermas species in Australia. – Mycol. Res. 104: 952-961. [DOI:10.1017/S0953756200002446]
32. Smith, B.J. and Sivasithamparam, K. 2003. Morphological studies of Ganoderma (Ganodermmataceae) from the Australasian Pacific regions. – Aust. Syst. 16: 487-503. [DOI:10.1071/SB02001]
33. Steyaert, R.L. 1972. Species of Ganoderma and related genera mainly of Bogor and Leiden Herbaria. –Rijksherbariam publishing, Leiden. pp: 55-118.
34. Steyaert, R.L. 1975. The concept and circumscription of Ganoderma tornatum. – Trans. Br. Mycol. Soc. 65: 451-467. [DOI:10.1016/S0007-1536(75)80043-X]
35. Takamatsu, S. 1998. PCR applications in fungal phylogeny. – In: P. Bridge, D. Arora, C. Reddy and R. Elander (ed.), Applications of PCR in Mycology: 125-152. CAB International.
36. Wasser, S.P. and Weis, A.L. 1999. Medicinal properties of substances occurring in higher basidiomycetes mushrooms: current perspectives (Review). – Int. J. Med. Mushrooms. 1: 31-62. [DOI:10.1615/IntJMedMushrooms.v1.i1.30]
37. Zakaria, L., Kulaveraasingham, H., Guan, T.S., Abdullah, F. and Wan, H.Y. 2005. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and random amplified microsatellite (RAMS) of Ganoderma from infected oil palm and coconut stumps in Malaysia. – Asia Pac. J. Mol. Biol. Biotechnol. 13: 23-34.
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

Creative Commons Licence
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.




کلیه حقوق این وب سایت متعلق به یافته های نوین در علوم زیستی است.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2015 All Rights Reserved | Nova Biologica Reperta

Designed & Developed by : Yektaweb