دوره 5، شماره 4 - ( 10-1397 )
جلد 5 شماره 4 صفحات 465-458 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Saboora A, Amiri Rad M, Asgarani E, Radjabian T. Comparison study of three methods for genomic DNA extraction from fresh and herbarium leaf specimens of Achillea wilhelmsii C. Koch. nbr 2018; 5 (4) :458-465
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-2974-fa.html
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-2974-fa.html
صبورا عذرا، امیری راد مریم، عسگرانی عزت، رجبیان طیبه. بررسی مقایسه ای سه روش استخراج DNA ژنومی از نمونه های تازه و گیاکده ای برگ بومادران کوتاه دشتی. یافته های نوین در علوم زیستی. 1397; 5 (4) :458-465
دانشگاه الزهرا ، saboora@alzahra.ac.ir
چکیده: (6591 مشاهده)
استخراج DNA از بافتهای گیاهی اغلب مشکلاتی را فراهم میسازد. بطورمثال عدم حذف متابولیتهای ثانویه نظیر ترکیبات فنلی گیاهان معطر و دارویی، باعث بروز خطا در نتایج کاربرد DNA استخراج شده طی آزمایش های مولکولی میشود. بومادران (Achillea wilhelmsii)، گیاهی دارویی متعلق به تیره کاسنیان (Asteraceae) و انحصاری ایران است که اطلاعات کمی در رابطه با ژنوم آن وجود دارد. بدین جهت بهینهسازی روشهای استخراج برای تهیه DNA با کمیت و کیفیت مناسب ضروری به نظر میرسد. در این مطالعه دو روش سنتی استخراج DNA ژنومی از برگ گیاه بومادران (با استفاده از بافت تازه و گیاکدهای) و یک روش دیگر با استفاده از کیت استخراج تجاری MAGNANTM مورد مقایسه قرار گرفته است. نتایج نشان داد که استخراج DNA از برگهای تازه طبق دستورالعمل Khanuja و همکاران (1999) به دلیل افزایش مقدار DNA استخراج شده و کاهش آلودگی ترکیبات مزاحم مثل RNA، پلیساکاریدها، پروتئینها و متابولیتهای ثانوی بهتر از دو روش دیگر بود. ارزیابی کیفیت DNA استخراج شده از نمونههای گیاکدهای نشان داد که علیرغم مقدار بالای DNA (50-10 برابر نسبت به دو روش دیگر)، کیفیت عصاره روی ژل آگارز بخاطر وجود کشیدگی و شکستگی مولکول DNA پایین بود. این امر میتواند استفاده از عصاره فوق را در آزمایشهای مولکولی با محدودیت روبرو سازد. کاربرد کیت استخراج MAGNANTM گرچه از نظر کاهش زمان و هزینه استخراج و کاهش آلودگی به پروتئین و RNA مناسب بود، اما نیازمند اصلاح فرایند تخلیص برای گیاه بومادران جهت افزایش کمیت DNA حاصل است.
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
علوم گیاهی
دریافت: 1396/7/10 | ویرایش نهایی: 1400/3/11 | پذیرش: 1397/3/7 | انتشار: 1397/12/27 | انتشار الکترونیک: 1397/12/27
دریافت: 1396/7/10 | ویرایش نهایی: 1400/3/11 | پذیرش: 1397/3/7 | انتشار: 1397/12/27 | انتشار الکترونیک: 1397/12/27
فهرست منابع
1. Alaey, M., Nader, R., Khalighi, A., Vezvaeoi, A. and Salami, A.R. 2007. Study on effective components on the quantity and quality of genomic DNA extracted from Iran cyclamen species. – Pajouhesh & Sazandegi 73: 11-16.
2. Asgary, S., Naderi, G.H., Sarrafzadegan, N., Mohammadifard, N., Mostafavi, S. and Vakili, R. 2000. Anthypertensive and antihyperlipidemic effect of Achillea wilhelmsii. – Drugs Exp. Clin. Res. 26: 89-93.
3. Bushra, C., Afshan, Y., Tayyab, H. and Riazuddin, S. 1999. Mini-scale genomic DNA extraction from cotton. – Plant Mol. Biol. Rep. 17: 1-7. [DOI:10.1023/A:1017213630972]
4. Cheng, Y.J., Guo, W.W., Yi, H.L., Pang, X.M. and Deng, X. 2003. An efficient protocol for genomic DNA extraction from Citrus species. – Plant Mol. Biol. Rep. 21: 177-186. [DOI:10.1007/BF02774246]
5. Costa, C.M. and Roberts, R.P. 2014. Techniques for improving the quality and quantity of DNA extracted from herbarium specimens. – Phytoneuron 48: 1-8.
6. Cota-Sánchez, J.H., Remarchuk, K. and Ubayasena, K. 2006. Ready to use DNA extracted with a CTAB method adapted forherbarium specimens and mucilaginous plant tissue. – Plant Mol. Biol. Rep. 24: 161-167. [DOI:10.1007/BF02914055]
7. Del Serrone, P., Attorri, L. and Palazzino, G. 2007. Easy DNA extraction for rapid detection of Panax ginseng C.A. Meyer in commercial ginseng products. – Nat. Prod. Res. 21: 1099-1103. [DOI:10.1080/14786410600879789]
8. Dellaporta, S.L., Wood, J. and Hicks, J.B. 1983. A plant DNA minipreparation: Version II. – Plant Mol. Biol. Rep. 4: 19-21. [DOI:10.1007/BF02712670]
9. Desjardins, P. and Conklin, D. 2010. NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids.- J. Vis. Exp. 45: 1-4. [DOI:10.3791/2565]
10. Drábková, L.Z. 2014. DNA extraction from herbarium specimens. – Methods Mol. Biol. 1115: 69-84. [DOI:10.1007/978-1-62703-767-9_4]
11. Gaudeul M, and Rouhan G. 2013. A plea for modern botanical collections to include DNA-friendly material. – Trends Plant Sci. 18:184-5. [DOI:10.1016/j.tplants.2012.12.006]
12. Kadkhodaie, A. 2003. A simple and low cost method for extraction of nucleic acids from plants containing polysaccharides and polyphenols: Optimizing the DNA extraction method in almonds. – Proceedings of the Third Iranian Congress of Biotechnology 417-419.
13. Khanuja, S.P.S., Shasany, A.K., Darokar, M.P. and Kumar, S. 1999. Rapid isolation of DNA from dry and fresh samples of plants producing large amounts of secondary metabolites and essential oils. – Plant Mol. Biol. Rep. 17: 1-7. [DOI:10.1023/A:1007528101452]
14. Komatsuda, T., Nakamura, I., Takaiwa, F. and Oka, S. 1998. Rapid, small scale DNA preparation from barley leaves. – Genome 41: 680-685. [DOI:10.1139/g98-069]
15. Lakshmi, T., Geetha, R.V., Roy, A. and Kumar, S.A. 2011. Yarrow (Achillea millefolium LINN.) A herbal medicinal plant with broad therapeutic use – a review. – Int. J. Pharm. Sci. Rev. Res. 9: 136-141.
16. Lickfeldt, D.W., Hofmann, N.E., Jones, J.D., Hamblin, A.M. and Voigt, T.B. 2002. Comparing three DNA extraction procedures for cost, efficiency, and DNA yield. – Hort. Sci. 37: 822-825.
17. Murashige, T. and Skoog, F. 1962. A revised medium for rapid growth and bio assays with tobacco tissue cultures. – Physiol. Plant. 15: 473-497 [DOI:10.1111/j.1399-3054.1962.tb08052.x]
18. Murry, M. and Thompson, W.F. 1984. Rapid isolation of high molecular weight plant DNA. – Nucleic Acid Res. 8: 4321-4325. [DOI:10.1093/nar/8.19.4321]
19. Pirttila, A.M., Hirsikorpi, M., Kamarainen, T., Jaakola, L. and Hohtola, A. 2001. DNA isolation methods for medicinal and aromatic plants. – Plant Mol. Biol. Rep. 19: 273a-273f. [DOI:10.1007/BF02772901]
20. Porebski, S.L., Baily, G. and Baum, B.R. 1997. Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. – Plant Mol. Biol. Rep. 15: 8-15. [DOI:10.1007/BF02772108]
21. Rahim Malek, M. 2011. Investigating and comparing different methods of DNA extraction in medicinal plants and aromatic plants. – Herbal remedies. 1: 1-5.
22. Rahnama, H., Sattarzadeh, A., Kazemi, F., Ahmadi, N., Sanjarian, F. and Zand, Z. 2016. Comparative study of three magnetic nano-particles (FeSO4, FeSO4/SiO2, FeSO4/SiO2/TiO2) in plasmid DNA extraction. – Anal. Biochem. 513: 68-76 [DOI:10.1016/j.ab.2016.08.029]
23. Sahare, P. and Srinivasu, T. 2012. Method for the isolation of genomic DNA from medicinal plants producing large amount of secondary metabolites. – IJES. 1: 37-39.
24. Sameer, S.A., Ul Rehman S., Banday, M.Z., Syeed, N., Pandit, A.A., Nanda, M.S. and Siddiqi, M.A. 2009. Comparison of the Different Methods of DNA Extraction from Snap-frozen Tumor Tissues: Our Experience. – IJBB. 5: 43-50.
25. Varadarajan, G.S. and Prakash, C.S. 1991. A rapid and efficient method for the extraction of total DNA from the sweet potato and its related species. – Plant Mol. Biol. Rep. 9: 6-12. [DOI:10.1007/BF02669284]
26. Viana, J.P.G., Borges, A.N.C., Lopes, A.C.A., Gomes, R.L.F., Britto, F.B., Lima, P.S.C. and Valente, S.E.S. 2015. Comparison of eight methods of genomic DNA extraction from babassu. – Genet. Mol. Res. 14: 18003-18008. [DOI:10.4238/2015.December.22.26]
27. Zabeti, S.M., Ismaili, A., Madah-Arefi, H., Nazarian-Firouzabadi, F. and Mojiri, F. 2014. Separation of secondary metabolites in DNA extraction process of Thymus and analysis of them by GC mass. – J. Mol. Cell. Res. (Iran. J. Biol.) 27: 66-74.
28. Zamani, Z., Sarkhoush, A., Fatahi Moghadam, M.R. and Ebadi, A. 2005. Comparison of Six Genomic DNA extraction from pomegranate (Punica granatum L.). – Iran. J. Hort. Sci. Technol. 6: 99-110.
29. Zhoua, L.G. and Wu, J.U. 2006. Development and application of medicinal plant tissue cultures for production of drugs and herbal medicinals in China. – Nat. Prod. Rep. 2: 789-810. [DOI:10.1039/b610767b]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
کلیه حقوق این وب سایت متعلق به یافته های نوین در علوم زیستی است.
طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق
© 2015 All Rights Reserved | Nova Biologica Reperta
Designed & Developed by : Yektaweb