دوره 6، شماره 4 - ( 10-1398 )
جلد 6 شماره 4 صفحات 381-374 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Kabiri K, Majidzadeh K. The molecular detection of the causative agent of plague on the basis of the pla gene. nbr 2019; 6 (4) :374-381
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3084-fa.html
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3084-fa.html
کبیری خاطره، مجیدزاده کیوان. تشخیص مولکولی عامل طاعون بر اساس ژن pla. یافته های نوین در علوم زیستی. 1398; 6 (4) :374-381
گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران شمال، تهران، ایران ، Kabiri.kh93@ gmail.com
چکیده: (4359 مشاهده)
یرسینیا پستیس عامل بیماری طاعون، باسیلی گرم منفی متعلق به تیره انتروباکتریاسه است. تشخیص این ارگانیسم بر اساس روش های کلاسیک وقت گیر، پر هزینه و خطرناک است. هدف از این مطالعه طراحی روش TaqMan Real-time PCR برای تشخیص سریع این باکتری بر اساس ژن pla است. در این مطالعه واکنش Real-time PCR بر اساس ژن هدف pla بهینه سازی گشت. برای تعیین حساسیت، از ژن pla رقتهای سریال تهیه و آخرین رقتی که سیگنال فلورسنت تولید کرد به عنوان کمترین حد تشخیص در نظر گرفته شد. بر اساس نتایج آزمایش تعیین حساسیت، منحنی استاندار شامل مقادیر Ct و تعیین کمیت برای آنالیز ژن هدف استفاده گردید. ویژگی آنالیتیکال روش به وسیله انجام آزمایش بر روی ژنوم تعدادی از باکتریهای کنترل منفی ارزیابی گردید. در این بررسی، در نمودار تکثیر ژن pla هیچ گونه تکثیری برای نمونههای کنترل منفی مشاهده نشد و ویژگی واکنش تایید گشت. کمترین حد تشخیص روش Real-time PCR برای ژن هدف fg 4/5، همچنین کمترین تعداد کپی از ژن هدف در یک واکنش 20 میکرولیتر در حدود 103× 1 تعیین گشت.
.
.
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
میکروبیولوژی
دریافت: 1396/11/22 | ویرایش نهایی: 1398/12/5 | پذیرش: 1398/2/22 | انتشار: 1398/10/18 | انتشار الکترونیک: 1398/10/18
دریافت: 1396/11/22 | ویرایش نهایی: 1398/12/5 | پذیرش: 1398/2/22 | انتشار: 1398/10/18 | انتشار الکترونیک: 1398/10/18
فهرست منابع
1. Arya, M., Shergill, I.S., Williamson, M., Gommersall, L., Arya, N. and Patel, H.R. 2005. Basic principles of real-time quantitative PCR. - Expert Rev. Mol. Diagn. 5: 209-219. [DOI:10.1586/14737159.5.2.209]
2. Ayyadurai, S., Flaudrops, C., Raoult, D. and Drancourt, M. 2010. Rapid identification and typing of Yersinia pestis and other Yersinia species by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry. - BMC Microbiol. 10: 1-7. [DOI:10.1186/1471-2180-10-285]
3. Azizi, M.H. and Azizi, F. 2010. A history of the human plague in Iran. - Arch. Iran Med. 13: 563-569.
4. Chase, C.J., Ulrich, M.P., Wasieloski, L.P., Kondig, J.P., Garrison, J. and Lindler, L.E. 2005. Real-time PCR assays targeting a unique chromosomal sequence of Yersinia pestis. - Adv. Clin. Chem. 51: 1778-1785. [DOI:10.1373/clinchem.2005.051839]
5. Drancourt, M. and Raoult, D. 2002. Molecular insights into the history of plague . - Microbes Infect. 4: 105-109. [DOI:10.1016/S1286-4579(01)01515-5]
6. Engelthaler, D.M., Gage, K.L., Montenieri, J.A., Chu, M. and Carter, L.G. 1999. PCR detection of Yersinia pestis in fleas: comparison with mouse inoculation. - J. Clin. Microbiol. 37: 1980-1984. [DOI:10.1128/JCM.37.6.1980-1984.1999]
7. Esamaeili, S., Azadmanesh, K., Naddaf, S.R. Rajerison, M., Carniel, E. and Mostafavi, E. 2013. Serologic survey of plague in animals, western Iran. - J. Emerg. Infect. Dis. 19: 1549-1551.. [DOI:10.3201/eid1909.121829]
8. Espy, M.J., Uhl, J.R., Sloan, L.M., Buckwalter, S.P., Jones, M.F., Vetter, E.A., Yao, J.D., Wengenack, N.L., Rosenblatt, J.E., Cockerill, F.R. and Smith, T.F. 2006. Real-time PCR in clinical microbiology: applications for routine laboratory testing. - Clin. Microbiol. Rev. 19: 165-256. [DOI:10.1128/CMR.19.1.165-256.2006]
9. Filippov .A.A., Sergueev, K.V., He, Y., Huang, X.Z., Gnade, B.T. and Mueller, A.J. 2011. Bacteriophage-resistant mutants in Yersinia pestis: identification of phage receptors and attenuation for mice. - PLOS ONE 6: 1-11. [DOI:10.1371/journal.pone.0025486]
10. Kenny, J.H., Zhou, Y., Schriefer, M.E. and Bearden, S.W. 2008. Detection of viable Yersinia pestis by fluorescence in situ hybridization using peptide nucleic acid probes. - J. Microbiol. Methods. 75: 293-301. [DOI:10.1016/j.mimet.2008.06.021]
11. Leal, N.C and Almeida, A.M. 1999. Diagnosis of plague and identification of virulence markers in Yersinia pestis by multiplex PCR. - Rev. Inst. Med. Trop. Sao Paulo. 41: 339-342. [DOI:10.1590/S0036-46651999000600002]
12. Lindler, L.E., Fan, W. and Jahan, N. 2001. Detection of ciprofloxacin-resistantYersinia pestis by fluorogenic PCR using the light Cycler. - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 39: 3649-3655. [DOI:10.1128/JCM.39.10.3649-3655.2001]
13. Loiez, C., Herwegh, S., Wallet, F., Armand, S., Guinet, F. and Courcol, R.J. 2003. Detection of Yersinia pestis in sputum by real-time PCR. - Eur. J. Clin. Microbiol. 10: 190-212. [DOI:10.1128/JCM.41.10.4873-4875.2003]
14. Mackay, I.M. 2004. Real‐time PCR in the microbiology laboratory. - Clin. Microbiol. Infect. 10: 190-212. [DOI:10.1111/j.1198-743X.2004.00722.x]
15. Matero, P., Pasanen, T., Laukkanen, R., Tissari, P., Tarkka, E. and Vaara M. 2009. Real‐time multiplex PCR assay for detection of Yersinia pestis and Yersinia pseudotuberculosis. - Apmis. 117:34-44. [DOI:10.1111/j.1600-0463.2008.00013.x]
16. O'Hara, C.M. 2005. Manual and automated instrumentation for identification of Enterobacteriaceas and other aerobic gram-negative bacilli. - Clin. Microbiol. Rev. 18: 147-162. [DOI:10.1128/CMR.18.1.147-162.2005]
17. Perry, R.D. and Fetherston, J.D. 1999. Yersinia pestis etiologic agent of plague. - Clin. Microbiol. Rev. 10: 35-66. [DOI:10.1128/CMR.10.1.35]
18. Qu, S., Shi, Q,. Zhou, L., Guo, Z., Zhou, D. and Zhai, J. 2010. Ambient stable quantitative PCR reagents for the detection of Yersinia pestis. - PLOS ONE 4: 1-7. [DOI:10.1371/journal.pntd.0000629]
19. Rachwal, P.A., Rose, H.L., Cox ,V., Lukaszewski, R.A., Murch, A.L. and Weller, S.A. 2012. The potential of TaqMan Array Cards for detection of multiple biological agents by real-time PCR. - PLOS ONE 7: 1-7. [DOI:10.1371/journal.pone.0035971]
20. Riehm, J.M., Rahalison, L., Scholz, H.C., Thoma, B., Pfeffer, M. and Razanakoto, L.M. 2011. Detection of Yersinia pestis using real-time PCR in patients with suspected bubonic plague. - Mol. Cell Probes. 25: 8-12. [DOI:10.1016/j.mcp.2010.09.002]
21. Rollins, S.E., Rollins, S.M. and Ryan, E.T. 2003. Yersinia pestis and the plague. - Am. J. Clin. Pathol. 119: 78-85. [DOI:10.1309/DQM93R8QNQWBFYU8]
22. Schofield, D.A., Molineux, I.J. and Westwate, C. 2009. Diagnostic bioluminescent phage for detection of Yersinia pestis. - J. Clin. Microbiol. 47: 3887-3894. [DOI:10.1128/JCM.01533-09]
23. Sergueev, K.V., Borschel, R.H., Nikolich, M.P. and Filippov, A.A. 2010. Rapid and sensitive detection of Yersinia pestis using amplification of plague diagnostic bacteriophages monitored by real-time PCR. - PLOS ONE 5: 1-10. [DOI:10.1371/journal.pone.0011337]
24. Stewart, A., Satterfield. B., Cohen, M., O'Neill, K. and Robison, R. 2008. A quadruplex real-time PCR assay for the detection of Yersinia pestis and its plasmids. - J. Med. Microbiol. 57: 324-331. [DOI:10.1099/jmm.0.47485-0]
25. Suzuki, S., Sakakibara, H. and Hotta, S. 1997. Latex agglutination tests for measurement of antiplague antibodies. - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 6: 332-336.
26. Tomaso, H., Reisinger, E.C., Dahouk, S., Frangoulidis, D., Rakin., A. and Landt, O. 2006. Rapid detection of Yersinia pestis with multiplex real‐time PCR assays using fluorescent hybridisation probes. - FEMS Immunol. Med. Microbiol. 38: 117-26. [DOI:10.1016/S0928-8244(03)00184-6]
27. Tomaso, H., Thullier, P., Seibold, E., Guglielmo, V., Buckendahl, A. and Rahalison, L. 2007. Comparison of hand-held test kits, immunofluorescence microscopy, enzyme-linked immunosorbent assay, and flow cytometric analysis for rapid presumptive identification of Yersinia pestis. - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 45: 3404-3407. [DOI:10.1128/JCM.00458-07]
28. Tomaso, H., Reisinger, E.C., Dahouk, S., Frangoulidis, D., Rakin, A. and Landt, O. 2003. Rapid detection of Yersinia pestis with multiplex real‐time PCR assays using fluorescent hybridisation probes. - FEMS Microbiol. Immunol. 38: 117-126. [DOI:10.1016/S0928-8244(03)00184-6]
29. Wang, J.Z., Duan, R., Liang, J.R., Huang, Y., Xiao, Y.C, Qiu, H. and Wang, X. 2014. Real-time TaqMan PCR for Yersinia enterocolitica detection based on the ail and fox A Genes - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 52: 4443-4444. [DOI:10.1128/JCM.02528-14]
30. Wilmoth, B.A., Chu, M.C. and Quan, T.J. 1996. Identification of Yersinia pestis by BBL crystal enteric / nonfermentor identification system. - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 34: 2829-2830. [DOI:10.1128/JCM.34.11.2829-2830.1996]
31. Woron, A.M., Nazarian, E.J., Egan, C., McDonough, K.A., Cirino, N.M. and Limberger, R.J. 2006. Development and evaluation of a 4-target multiplex real-time polymerase chain reaction assay for the detection and characterization of Yersinia pestis. - Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 56: 261-268 [DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2006.06.009]
32. Zhang. Z., Liang. Y., Yu. D., Xia. L. and Hai. R. 2013. Development of a multiplex polymerase chain reaction (PCR) with an internal control method to detect Yersinia pestis in the plague foci surveillance. - Afr. J. Microbiol. Res.7: 698-700.
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
کلیه حقوق این وب سایت متعلق به یافته های نوین در علوم زیستی است.
طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق
© 2015 All Rights Reserved | Nova Biologica Reperta
Designed & Developed by : Yektaweb