آب­های زیرزمینی، به­عنوان تنها منبع تأمین کننده آب در بسیاری از مناطق باید به لحاظ میکروبی ارزیابی شود. از­آنجا­که تیمار آب همیشه نمی­تواند تمام باکتری­های بیماری­زای را که از فاضلاب خانگی به آب­های زیرزمینی راه می­یابد حذف کند، بررسی باکتریایی منابع آب بجنورد انجام گرفت. به­همین دلیل، روش فیلتر غشایی و محتمل­ترین تعداد میکروب­ها در ارزیابی کیفیت آب به­کار­گرفته شد Escherichia coli .و Enteroccocus faecalis  به­عنوان شاخص­های مدفوعی انتخاب شدند. باکتری E.coli  از سه ایستگاه از شش ایستگاه تحت مطالعه جدا شد و Enteroccocus faecalis  تنها از یکی از ایستگاه­ها جدا گردید. اگرچه تکنیک­های مولکولی در تشخیص جمعیت های میکروبی بسیار سریع و دقیق هستند، ولی قادر به تفکیک باکتری­های زنده از مرده و باکتری­های زنده ولی غیرقابل کشت نیستند. با استفاده از روش­ها­ی استاندارد کشت می­توان به مطالعۀ میکروارگانیسم­های زنده و از لحاظ متابولیکی، فعال پرداخت. هر دو باکتری E.coli و E.feacalis، در برخی نمونه­های آب تشخیص داده شد. بنابراین لازم است روش­های سالم­سازی آب­های زیرزمینی به­عنوان آب شرب مورد توجه بیشتری قرار بگیرد.