کریم مهنام، فاطمه میراحمدی باباحیدری،
دوره 5، شماره 2 - ( 6-1397 )
چکیده
پروتئین XIAP يکی از اعضای پروتئین‌های مهارکننده آپوپتوز يا مرگ برنامه‌ریزی‌شده یاخته (خانواده IAP) است. پروتئین XIAP نقش باارزشی در مهار آپوپتوز بازی می‌کند و دربرگیرندۀ سه دومین BIR (Baculoviral IAP Repeat) است. دومین سوم اين پروتئين يعني BIR3 به‌طور مستقیم به پايانه N پروتئين کاسپاز 9 متصل می‌شود و آپوپتوز را مهار می‌کند. نشان داده‌شده است که چهار اسیدآمینه پایانة N پروتئين SMAC يعني AVPI می‌توانند به BIR3 متصل شوند و آن را مهار کنند و بنابراین، آپوپتوز را به راه‌اندازند. در اين پژوهش 15 پپتيد به دومین BIR3 داک شده‌اند و سپس 10 نانوثانیه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی روی هر کمپلکس به‌دست‌آمده از داکینگ انجام شد. سپس از روش مکانیک مولکولی پوازی بولتزمن سطح در دسترس حلال (MM/PBSA) برای برآورد انرژي اتصال آزاد پپتیدها به دومين BIR3 استفاده شد. نتایج روش MM/PBSA هماهنگی نسبی با روش داکینگ وهماهنگی خوبی با نتایج تجربی موجود داشتند. نتایج نشان داد که بهترین پپتیدها با کمترین انرژي آزاد اتصال عبارت‌اند از ATPF و AKPW و ARPF. همچنين بررسی پيوندهای ميان اين پپتيدها و دومین BIR3 در ساختار نهايي کمپلکس‌ها آشکار کرد که لوسين 307 و ترئونین 308 و گلوتامات 314 و تيروزين 324 دومين BIR3 برای اتصال پپتیدها ضروری هستند. نتایج تفکیک انرژي آزاد و تعیین سهم باقی‌مانده‌های شکاف دومين BIR3 در اتصال به اين پپتيدها در طول شبیه‌سازی نيز هماهنگ با نتايج پیشین بود و نقش همان باقی‌مانده‌ها را در اتصال نشان می‌داد. همچنين گرایش بالای این پپتیدها نسبت به پپتيد طبيعي ((AVPI و مقایسه آنها با ساير پپتيدها آشکار می‌کند که وجود بار مثبت در جايگاه دوم پپتيد و وجود گروه هیدروفوب آروماتيک در جایگاه چهارم پپتيد باعث افزايش قدرت اتصال پپتيد می‌شود.
زهرا توکلی، بهناز صفار، کریم مهنام، روح اله همتی،
دوره 11، شماره 3 - ( 9-1403 )
چکیده
یکی از بحران های آینده نزدیک بشریت همه گیری بیماری های عفونی بعلت مقاومت آنتی بیوتیکی باکتری ها است. پپتیدهای خانواده هیستاتین دارای خصوصیت ضدمیکروبی علیه سویههای مقاوم به دارو و التیام زخم می باشند. در این پژوهش، ابتدا پپتید هیستاتین3 توسط برنامه گرومکس 5 به مدت 50 نانوثانیه در حضور آب و یون ها و همچنین در حضور میسل SDS به عنوان مدل غشا باکتری شبیه‌سازی پویایی مولکولی شد. سپس به منظور افزایش خاصیت ضد باکتری، هشت جهش مختلف در این پپتید طراحی و ساختارآنها تهیه شد و هرکدام با همان شرایط قبل در حضور آب و در حضور آب و میسل SDS بطور جداگانه شبیه‌سازی پویایی مولکولی شدند و انرژی آزاد اتصال پپتیدها با میسل SDS با روش MM/PBSA محاسبه شد. در نهایت 950 نانوثانیه شبیه سازی پویایی مولکولی در شرایط ذکر شده نشان داد که جهش ترکیبی D1A-G9W دارای منفی‌ترین انرژی آزاد اتصال به میسل SDS است. نتایج بررسی های آزمون‌‌های میکروبی MIC این جهش برروی باکتری‌های گرم مثبت و گرم منفی، نشان از افزایش خاصیت ضدمیکروبی آن برروی باکتری های گرم مثبت داشت.
