در این بررسی روابط شجره­ شناسی ماهی قزل­آلای خال قرمز Salmo trutta L.1758 در رودخانه جاجرود حوضه دریاچه نمک با استفاده از توالی کامل ناحیه D-Loop ژنوم میتوکندریایی 5 قطعه ماهی در مقایسه با دیگر جمعیت­ های این گونه در ایران بررسی شد. نتایج به دست آمده نشان داد که جمعیت ماهی قزل­آلای خال­قرمز رودخانه جاجرود نیز مثل دیگر جمعیت­ه ای ایرانی این ماهی متعلق به گروه شجره شناسی دانوب است. هاپلوتایپ مشاهده شده در جمعیت رودخانه جاجرود مشابه هاپلوتایپ گزارش شده در جمعیت رودخانه کرج است. با توجه به نتایج به دست آمده ماهی قزل­آلای خال­قرمز حوضه نمک به جمعیت­های حوضه خزر نسبت داده شد و نسبت آن با گونه Salmo macrostigma مورد تأیید قرار نگرفت. با توجه به مشاهده نشدن هاپلوتایپ جمعیت­ های کرج و جاجرود در حوضه خزر و روابط آن با دیگر هاپلوتایپ­ های ایرانی و دانوبی شاید بتوان این هاپلوتایپ را از هاپلوتایپ های قدیمی دانست که ممکن است در حوضه خزر هم وجود داشته باشند. با توجه به بحث­های موجود در رابطه با زیست شناسی، ویژگی­ های جغرافیایی و همچنین با توجه به نوع هاپلوتایپ ماهی قزل­آلای خال ­قرمز حوضه نمک می­توان عنوان نمود که این جمعیت­ ها احتمالاً بومی حوضه نمک بوده و توسط انسان به حوضه یادشده معرفی نشده­ اند.

Garra rufa یکی از 73 گونۀ جنس Garra متعلق به خانوادۀ کپورماهیان است، که عموماً با عنوان دکترماهی شناخته می­ شود. به ­دلیل شفافیت، سهولت نمونه­ برداری، و حداقل آسیب وارد به ماهی در اثر جداکردن فلس­ ها، از آنها بیشتر از دیگر ساختارها در مطالعات پویایی جمعیت استفاده می­ شود. در این مطالعه برای تفکیک نمونه­ های ماهی G. rufa (متعلق به خانوادۀ کپورماهیان) در رودخانه ­های بشار، بهبهان، گردآب، خیرآباد، کوشک بهرام، مازو، پالنگان، سندگان، شورآباد و سیروان از تحلیل شکل فلس به روش لندمارک­ گذاری استفاده شد. بر تصاویر فلس­ ها در روش مبتنی بر لندمارک تعداد هفت لندمارک با استفاده از نرم ­افزار TpsDig2 قرار داده شد. داده­ های حاصل پس ­از تحلیل پروکراست، با استفاده از تحلیل چندمتغیره تجزیه به مؤلفه­ های اصلی، تجزیۀ همبستگی کانونیک و تحلیل خوشه ­ای در نرم ­افزار  pastمورد تفسیر قرار گرفتند. نتایج نشان داد که بین  بعضی از رودخانه­ ها از لحاظ شکل فلس تفاوت معنی­ داری وجود دارد، اما بیشتر جمعیت ها هم­ پوشانی دارند و نمی­ توان آنها را به ­طور کامل با توجه به شکل فلس از هم جدا کرد. در بین نمونه­ های تحت بررسی، تنها نمونه­ های متعلق به رودخانۀ سندگان و گردآب با همۀ نمونه­ های دیگر دارای تفاوت معنی­ دار بودند.