در این بررسی روابط شجره­ شناسی ماهی قزل­آلای خال قرمز Salmo trutta L.1758 در رودخانه جاجرود حوضه دریاچه نمک با استفاده از توالی کامل ناحیه D-Loop ژنوم میتوکندریایی 5 قطعه ماهی در مقایسه با دیگر جمعیت­ های این گونه در ایران بررسی شد. نتایج به دست آمده نشان داد که جمعیت ماهی قزل­آلای خال­قرمز رودخانه جاجرود نیز مثل دیگر جمعیت­ه ای ایرانی این ماهی متعلق به گروه شجره شناسی دانوب است. هاپلوتایپ مشاهده شده در جمعیت رودخانه جاجرود مشابه هاپلوتایپ گزارش شده در جمعیت رودخانه کرج است. با توجه به نتایج به دست آمده ماهی قزل­آلای خال­قرمز حوضه نمک به جمعیت­های حوضه خزر نسبت داده شد و نسبت آن با گونه Salmo macrostigma مورد تأیید قرار نگرفت. با توجه به مشاهده نشدن هاپلوتایپ جمعیت­ های کرج و جاجرود در حوضه خزر و روابط آن با دیگر هاپلوتایپ­ های ایرانی و دانوبی شاید بتوان این هاپلوتایپ را از هاپلوتایپ های قدیمی دانست که ممکن است در حوضه خزر هم وجود داشته باشند. با توجه به بحث­های موجود در رابطه با زیست شناسی، ویژگی­ های جغرافیایی و همچنین با توجه به نوع هاپلوتایپ ماهی قزل­آلای خال ­قرمز حوضه نمک می­توان عنوان نمود که این جمعیت­ ها احتمالاً بومی حوضه نمک بوده و توسط انسان به حوضه یادشده معرفی نشده­ اند.